Extreme lag in custom worlds - "Something's taking too long!"

When creating a custom world with the preset attached in pastebin link, I get extreme lag (not render lag, like fps, but block/entity lag). When beginning debug profiling, I get errors saying "Something's taking too long!
[10:49:32] [Server thread/WARN]: Something's taking too long! 'root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.root.levels.Shelf Survival.tick.tickBlocks.tickChunk' took aprox 105.244341 ms"

This spams console and makes the game unplayable.

Pastebin link (Preset and error report)

http://pastebin.com/9tbyEQ2L

Debug log attached.